Алайда, кеңес өкіметінің одан әрі нығаюы қазақ зиялыларының Елеулі қудалауына және жаншып қуғын-сүргінге ұшырауына әкеп соқты. 1925 жылы Филипп Голощекин БКП (б) Қазақстан өлкелік комитетінің бірінші хатшысы болып тағайындалды. Қазақ зиялыларының көптеген өкілдері өз қызметтерінен алынды.
1920 жылдардың соңында Алаш автономиясының бұрынғы қайраткерлерінің барлығы дерлік тұтқындалады. "Буржуазиялық ұлтшылдық" және тыңшылық айыптары қойылғаннан кейін олар қара жер аймағында түрмеге немесе қуғынға ұшырап, бірнеше адам өлім жазасына кесілді. Қазақстан тарихының бұл кезеңі "Кіші Қазан"деп аталды.
1937-1938 жылдардағы "Үлкен террор" кезінде кеңес қоғамына және қазақ зиялыларына ең ауыр зиян келтірілген болатын. Қазақстандық геолог және тарихшы Нәдір Әзірбаевтың пікірінше, осы жылдары қазақ зиялыларының екі ұрпағы жойылды. Зерттеуші Лариса Куделинаның айтуынша,"билік ең алдымен зиялы қауымды жойып, халықты құлатуға тырысты".